辦公室
重要業(yè)務等工作的組織協(xié)調(diào)；公文管理、制度管理；機要保密、檔案管理；對外接待；工作規(guī)劃、年度計劃、工作要點的起草及實施、督辦、考核；財務管理、信訪事件、職稱評聘；年度考核、考勤等日常事務管理工作。
疾病控制科
疾病控制科：各類傳染病防制、重大傳染病疫情和突發(fā)公共衛(wèi)生事件以及救災防病應急處置和管理；突發(fā)公共衛(wèi)生事件、重大傳染病疫情的演練、培訓以及技術(shù)指導；衛(wèi)生應急裝備、物資儲備保管、維護、保養(yǎng)等；艾滋病、性病、丙肝等防控工作；地方病（碘缺乏病、地方性氟中毒、地方性砷中毒等）和寄生蟲病（瘧疾、絲蟲病、黑熱病、包蟲病等）防治；病媒生物防制和生物監(jiān)測。
結(jié)核病防治科
結(jié)核病防治科：肺結(jié)核患者的發(fā)現(xiàn)、治療和管理工作技術(shù)指導和評價；結(jié)核病監(jiān)控與評價；結(jié)核病相關(guān)知識的健康促進。
免疫規(guī)劃科
全縣國家免疫規(guī)劃工作的實施、冷鏈設備建設和冷鏈系統(tǒng)運行狀況監(jiān)測與管理；負責免疫規(guī)劃疫苗的使用管理、技術(shù)指導，以及疫苗接種情況評估；組織開展免疫預防針對傳染病的監(jiān)測和控制工作；疑似預防接種異常反應監(jiān)測，指導和參與調(diào)查處置；負責全縣兒童預防接種信息管理系統(tǒng)的正常運轉(zhuǎn)；開展接種率常規(guī)報告、監(jiān)測和分析評價；組織開展健康教育活動，對專業(yè)人員進行業(yè)務培訓。
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公共衛(wèi)生科
慢性病及傷害預防控制工作計劃與措施；全縣居民死因監(jiān)測、腫瘤登記和傷害監(jiān)測，掌握我縣慢性病流行狀況；學校衛(wèi)生監(jiān)測及技術(shù)指導；食品安全風險監(jiān)測、風險評估與預警、風險交流；食源性疾病監(jiān)測，食源性疾病（包括食物中毒）事件報告的分析、上報；制訂風險監(jiān)測質(zhì)量控制措施；對外服務性檢驗工作（主要開展食品、飲用水、涉水產(chǎn)品等）；食源性疾病（包括食物中毒）應急檢測及處置；開展環(huán)境衛(wèi)生監(jiān)測和技術(shù)指導；公共場所空氣、公共用品檢測及衛(wèi)生學評價。
健康教育科
制定全縣健康教育工作方案、規(guī)劃及考核標準并組織實施；開展重點傳染病防治以及突發(fā)公共衛(wèi)生事件應急健康促進與教育；健康傳播材料的設計、制作；協(xié)調(diào)社會有關(guān)部門及大眾傳播機構(gòu)，開展對外宣傳及多種形式健康知識傳播活動。
信息科
傳染病疫情、突發(fā)公共衛(wèi)生事件、救災防病信息等的收集、整理及統(tǒng)計分析；全縣疫情報告網(wǎng)絡維護和管理。
預防接種門診
一類、二類疫苗的預防接種，接種免疫副反應的監(jiān)測、調(diào)查、處理；開展預防醫(yī)學咨詢，向群眾提供有關(guān)防病知識；疫苗入庫、出庫、保管；疫苗接收、存儲、登記和發(fā)放。
檢驗科
傳染病和理化的常規(guī)實驗室檢測；傳染病疫情或突發(fā)公共衛(wèi)生事件的病原檢測及確認工作；艾滋病、麻疹等實驗室的質(zhì)量認證；對基層醫(yī)療機構(gòu)進行相關(guān)檢驗技術(shù)指導和能力培訓.
水質(zhì)監(jiān)測中心
農(nóng)村飲用水和城市飲用水的檢測。
后勤科
后勤服務管理（水電辦公區(qū)房屋維修及保潔）、基建維修、固定資產(chǎn)管理；綜合治理、安全生產(chǎn)等。